El IIM cuenta con cinco investigadores de planta, y varios profesores de la Escuela de Microbiología adscritos temporalmente al Instituto. Las labores de investigación se desarrollan principalmente en el Centro de Investigaciones Genéticas, el laboratorio de investigación Teasdale-Corti, el Centro de Investigación en los patógenos asociados al cáncer, y el laboratorio de investigación y diagnóstico en Entomología Médica. Existen tres grupos de investigación vinculados con el IIM: El Grupo de investigación en Parasitología y Micología, el Grupo de investigación en Virología, y el Grupo de enfermedades de etiología bacteriana.
